Los manuscritos han sido escogidos y organizados de manera que admiten dos niveles de lectura: el primero, más genérico y didáctico, proporciona una visión global de la historia del libro manuscrito en España; el segundo nivel, más específico, indaga en la formación y características singulares de la colección salmantina. A partir de dos obras que representan los inicios de la Universidad, los ejemplares deambulan por la historia del manuscrito europeo, desde los códices medievales visigóticos hasta los manuscritos coetáneos a la imprenta.

Para ello, la comisaria Margarita Becedas ha distribuido el recorrido en cuatro épocas. En primer lugar, Los libros monásticos y el scriptorium acoge códices de los siglos XI y XII copiados en ámbitos monásticos para uso propio del monasterio o por encargo de príncipes. Vida ciudadana, Universidades y Taller Alfonsí está formado por copias de la última etapa medieval, y presenta libros confeccionados ya en talleres urbanos, mientras aún los escritorios religiosos producían notables ejemplares.

En El humanismo y las lenguas vernáculas se cede el protagonismo a la lengua romance derivada del latín como vehículo para la literatura y las obras científicas. Finalmente, en Conviviendo con la imprenta se exponen manuscritos del siglo XVI, desde los más humildes hasta los dedicados a monarcas.

Además de realizar este itinerario histórico, la exposición pone de relieve algunas de las principales características de la colección salmantina. Por un lado, su variedad temática, con obras que exceden las enseñanzas universitarias de la época, sin limitarse a los autores o títulos que la normativa universitaria consideraba lecturas obligatorias para las distintas facultades. Un abanico de materias que recoge desde esperables tratados de carácter teológico, filosófico o jurídico en latín hasta obras literarias y científicas en castellano.

La segunda particularidad que se muestra es la relativa a las diversas procedencias que han ido moldeando la colección. En este sentido se encuentran libros adquiridos o escritos por y para la Universidad, también donaciones de bibliotecas particulares de catedráticos o estudiantes, e incluso colecciones nacidas y desarrolladas en otras instituciones.

Respecto a estas últimas, dos son las procedencias que Salamanca comparte con todas las universidades clásicas españolas. Los libros de los colegios de la Compañía de Jesús de cada provincia (en este caso el Colegio Real de la Compañía en Salamanca), depositados en las bibliotecas universitarias tras la expulsión de la orden de los territorios españoles en 1767, y los libros de conventos y monasterios que recalaron en las bibliotecas universitarias tras las desamortizaciones de las primeras décadas del siglo XIX.

Pero, además, Salamanca cuenta con otra importante procedencia institucional, la de los colegios mayores y menores surgidos en torno a la Universidad desde el siglo XV y que, en el caso sobre todo de los colegios denominados mayores, cuatro en Salamanca de los seis que existían en España, poseían ricas colecciones de manuscritos.