Trabajó al servicio de Isabel la Católica hasta el año 1504, fecha de la muerte de la reina. Fue en ese momento cuando decidió continuar su labor en tierras castellanas. Su primera parada fue Salamanca, lugar donde pintó el retablo de la capilla del Hospital del Estudio. En 1509 partió para Palencia, donde el 19 de diciembre firmó el contrato para ejecutar las pinturas del retablo mayor de la Catedral, que dejó inconcluso a su muerte. Aunque también en esta época realizó otras obras que se le atribuyen por sus características estilísticas, idénticas a las de otras documentadas, como el retablo mayor de San Lázaro de Palencia. Actualmente, el Museo del Prado conserva cuatro de las ocho tablas que lo componían.

Juan de Flandes fue protagonista de la escena cultural y artística de Palencia, ciudad donde se daban cita los mejores artistas de la época en la Castilla de principios del siglo XVI, Alejo de Vahia, Felipe Bigarny, Pedro Berruguete, Alonso de Portillo, Maestro de Calabazanos o Gil de Siloe, entre otros.

El programa del quinto centenario incluye un Ciclo de Conferencias (28 y 29 de noviembre) impartidas por algunos de los mayores expertos en el arte hispano-flamenco y, en especial, en la figura de Juan de Flandes. Las voces de la Real Escolanía del Monasterio de San Lorenzo del Escorial pondrá el broche de oro a dos días de conferencias, en un escenario que fue testigo hace 500 años de la técnica y la maestría del artista: la iglesia de San Lázaro.

Además, el 30 de noviembre se realizará una ruta por las Tierras del Renacimiento Palentino, una cita para descubrir a grandes maestros como Pedro y Alonso Berruguete, entre otros. Se visitarán las iglesias de Santa María en Becerril de Campos y Santa Eulalia en Paredes de Nava. También se podrá descender por el andamio que, instalado en la Catedral, permite observar el retablo a menos de dos metros de distancia.