El primer monasterio fue fundado en 1559 por Juana de Portugal, Princesa de Portugal e hija de Carlos I de España, y el Monasterio de La Encarnación en 1616 por la reina Margarita de Austria, esposa de Felipe III. Ambos conservan íntegros tanto su arquitectura como sus tesoros artísticos. Así, Renacimiento y Barroco se unen en una exposición que muestra, entre otros, retratos de Antonio Moro, Pantoja de la Cruz, Ribera y Sánchez Coello; escultura en madera policromada de Pedro de Mena o Gregorio Fernández, el Arca de San Víctor, una maravilla de plata, azabache y esmaltes de Wencesalo Jamnitzer donado por Ana de Austria, y una selección de magníficos tapices.
La riqueza de estas colecciones incluye obras y objetos de diferentes disciplinas artísticas y decorativas, destacando la presencia de esculturas policromadas de los mejores maestros de su tiempo. La exposición incluye, además, préstamos de obras de arte de Viena, las Indias, Flandes, Italia e Inglaterra.
La muestra pretende ahondar en el conocimiento de lo que se ha denominado Pietas Austriaca, símbolo de la combinación de poder dinástico y religión. De este modo se pueden ver de Las Descalzas sus relicarios cuidadosamente conservados, así como los tapices que adornaban sus ceremonias, con los tres paños de la célebre serie de El triunfo de la Eucaristía, realizada por los maestros tejedores de Bruselas Jan II Raes, Jacob I Geubels, Hans Vervoert y Jacques Fobert, y cuyos cartones son obra de Rubens. La exposición también cuenta con una excepcional colección de escultura española del siglo XVII.
El itinerario sitúa el interés en los personajes femeninos que, con sus retratos, estructuran la muestra: desde doña Juana de Portugal, su hermana la Emperatriz María de Austria, su hija sor Margarita de la Cruz, la Infanta doña Isabel Clara Eugenia, sor Ana Dorotea, hija del emperador Rodolfo II, y Ana Margarita de Austria, hija de Felipe IV. Mujeres que instauraron, en estos lugares, una segunda corte con amplias ramificaciones internacionales (Portugal, las Indias, Flandes, Florencia, el Imperio austríaco) frente al muy cercano Real Alcázar de Madrid.
Las obras que componen esta exposición ofrecen un fresco inigualable de la vida artística, religiosa y política de dos espacios de Corte de los Austria españoles. Con el Renacimiento y el Barroco como telón de fondo se ofrece una colección única de retratos que nos traslada a una época en la que religión y monarquía iban de la mano, representando las principales fuentes de un poder político que se desplegaba a lo largo y ancho de Occidente. De esta manera, el recorrido pone en valor la gran variedad y riqueza de expresiones artísticas que rodearon el periodo de los Austria, quienes dotaron a la Monarquía Hispánica de un carácter eminentemente internacional, debido a su amplia red de alianzas con países extranjeros.