El artista destacó desde muy temprano por una obra basada en la monocromía, donde la pintura en sí misma (el óleo) estructura el espacio y sus vacíos. Sobre esos fondos monocromos, en la pintura de Hernández Pijuan aparecen los símbolos que han caracterizado su lenguaje durante su extensa carrera –flores, nubes, elementos geométricos como retículas, líneas rectas o curvas– que hacen referencia al paisaje.
La obra de Hernández Pijuan se conserva en colecciones como la del Museo Reina Sofía, MACBA, Colección “la Caixa”, Museo de Arte Abstracto Español o Guggenheim Museum. En 1981 recibió el Premio Nacional de Artes Plásticas y en 2005 el Premio Nacional de Arte Gráfico. En 1993, el Reina Sofía le dedicó una retrospectiva con el título Espacios de silencio, 1972-1992, y en 2003 el MACBA otra titulada Volviendo a un lugar conocido, 1972-2002.