Para el desarrollo del proceso de selección se constituirá una comisión de selección designada por el presidente del patronato de la Fundación Siglo y formada por un presidente y cuatro vocales, de los cuales al menos tres serán designados entre directores de museos o centros de arte contemporáneo o expertos en gestión de instituciones museísticas, artísticas o culturales, más un secretario con voz y sin voto.
El MUSAC fue creado en 2005 para, según su decreto de constitución, «favorecer el conocimiento y acceso del público al arte contemporáneo», a la vez que estimular la creación artística, potenciando sus diferentes manifestaciones y dedicándose esencialmente a la documentación, difusión, exhibición y fomento del arte en Castilla y León. Aspira, también, a ser una «herramienta fundamental en la creación de sentido colectivo en torno al arte y la cultura contemporáneos».
Desde 2005, los directores del Museo han sido Rafael Doctor (2002-2009), Agustín Pérez Rubio (2009-2013), Eva González-Sancho (2013) y Manuel Olveira (desde junio de 2013 hasta ahora).