El Archivo General de Indias fundamentalmente custodia los fondos producidos por las instituciones creadas por la Administración española para el gobierno y administración de los territorios ultramarinos españoles. Estas instituciones son: Consejo de Indias y Secretarías de Despacho, Casa de la Contratación y Consulados de Sevilla y Cádiz. Asimismo, se conservan otros fondos de instituciones de menor entidad e incluso de particulares relacionados con las colonias españolas en América y Asia.