Inició su andadura el 7 de marzo de 1981, cuando Joan Miró y su esposa Pilar Juncosa hicieron donación a la misma de los talleres del artista, junto con la obra, los objetos y los documentos que contenían. La creación de la Fundació surge de la voluntad de Miró de difundir y promover la creación artística, así como de su preocupación por preservar sus talleres, que habían constituido su espacio creativo desde 1956 hasta el final de su vida, en 1983.
La Fundació cuenta con tres edificios singulares: Son Boter, una casa mallorquina de finales del siglo XVIII, que el artista empleó como segundo estudio de pintura y escultura; el Taller Sert, estudio diseñado por el amigo del artista y arquitecto Josep Lluís Sert y construido en 1956; y el edificio Moneo, sede de la Fundació, diseñado por Rafael Moneo e inaugurado en el año 1992.