Tras su remodelación, el centro museístico cuenta con unas instalaciones modernas y con servicios complementarios, en las que se explica al visitante la historia de Antequera de forma cronológica y sistematizada. Dispone de 17 salas, más otros tres espacios en las antiguas bodegas.

El recinto expositivo, ubicado en el Palacio de Nájera, acoge entre sus piezas al Efebo de Antequera, célebre escultura romana del siglo I.

El Centro de Interpretación de la Ciudad de Antequera forma parte del Plan Turístico de Ciudades Medias del Centro de Andalucía, que pretende conformar un espacio integral en torno a los elementos con mayor potencialidad turística de cada una de las seis ciudades implicadas: Antequera, Alcalá la Real, Écija, Estepona, Loja y Lucena.

El plan, firmado en 2005 entre la Consejería de Turismo, Comercio y Deporte y la Asociación Red para el Desarrollo Turístico de las Ciudades Medias del Centro de Andalucía, prevé una inversión total de 19 millones de euros, de los que la Junta aporta el 60%, 11,4 millones de euros.