Fernandes es licenciado en Lenguas y Literaturas Modernas por la Universidad de Oporto y cuenta con estudios de postgrado de la Universidad de Lisboa. En 2003 fue nombrado director del Museo Serralves donde ha programado y comisariado exposiciones de artistas como Eduardo Batarda, Dara Birnbaum, Lourdes Castro, François Dufrêne, Barry Le Va, Manoel de Oliveira, Júlio Pomar, Robert Rauschenberg, Paula Rego o Alvaro Siza.
Como director adjunto del Museo Serralves, cargo que ocupó anteriormente, entre 1996 y 2003, organizó exposiciones sobre la obra de Tacita Dean, Pierre Huyghe, Fernando Lanhas, Alburquerque Mendes, Lygia Pape, Joana Vasconcelos o João Vieira.
Inicios profesionales
En sus inicios profesionales, además de su labor docente en el Istituto Politécnico do Porto (1987–1995), trabajó como comisario independiente, organizando las Jornadas de Arte Contemporânea de Oporto (1992–1996), en las que se presentaron por primera vez en Portugal obras de artistas como Christine Borland, Douglas Gordon, Richard Long o Rirkrit Tiravanija.
Organizó y comisarió la representación portuguesa de la 1ª Bienal de Johannesburgo (1995), la 24ª Bienal de Arte de São Paulo (2003) y, conjuntamente con Vicente Todolí, la 50ª Bienal de Venecia (2003).
Desde 2004 coordina la programación del Festival de Artes Visuales y Performativas “Serralves em Festa”. Ha sido miembro del jurado en la École Nationale Supérieure des Beaux-Arts de París (2005) y del Jurado Internacional de Selección de Comisario de la Bienal de São Paulo (2006).
Comisario experto
Asimismo ha comisariado numerosas muestras con la Colección de la Fundação Serralves en varias ciudades, tanto en Portugal como en otros países. En su faceta académica, Fernandes ha colaborado con distintas instituciones: Universidad de Lisboa, Universidad de Coimbra, Universidad de Oporto, Complutense de Madrid o la Universidad de Santiago de Compostela.
João Fernandes es miembro del Conselho Geral da Universidade do Minho y del Conselho de Representantes da Faculdade de Belas Artes do Porto y da Faculdade de Arquitectura de Oporto, así como del IKT (Internationale Kunstausstellungsleiter – Tagung).